(A-1) Articles published in journals indexed by SCI or SCI Expanded, SSCI, AHCI
1-) Talip Zengin, Başak Abak Masud, Tuğba Önal-süzek, 2024. TCGAnalyzeR: An Online Pan-Cancer Tool for Integrative Visualization of Molecular and Clinical Data of Cancer Patients for Cohort and Associated Gene Discovery. Cancers
2-) Selin Galatalı, Talip Zengin, Ergun Kaya, 2024. Expression analysis of ML237, R2R3 MYB and OIL_143 genes that affect the cold tolerance during the cold-hardening stage on successful cryopreservation of Mentha × piperita L.. Journal of Animal and Plant Sciences
3-) Özge Kurt, Talip Zengin, Yakup Üstün, 2023. Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals. Australian Endodontic Journal
4-) Rana Salihoğlu, Fatih Saraçoğlu, Mustafa Sibai, Talip Zengin, Başak Abak Masud, Onur Karasoy, Tuğba Süzek, 2023. CompCorona: A web application for comparative transcriptome analyses of coronaviruses reveals SARS-CoV-2-specific host response. Turkish Journal of Biology
5-) Tolga Göktürk, Talip Zengin, Tuncer Hökelek, Cansu Gökçe Topkaya, Ramazan Güp, 2023. Synthesis, Crystal Structure, Hirshfeld Surface Analysis, DNA/BSA Interaction and Molecular Docking Studies of 2-(6-(4-chlorophenyl)-1,2,4-triazin-3-yl)quinoline. Journal of Molecular Structure
6-) Rahmad Akbar, Habib Bashour, Puneet Rawat, Philippe A. Robert, Eva Smorodina, Tudor-stefan Cotet, Karine Flem-karlsen, Robert Frank, Brij Bhushan Mehta, Mai Ha Vu, Talip Zengin, Jose Gutierrez-marcos, Fridtjof Lund-johansen, Jan Terje Andersen & Victor Greiff, 2022. Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies. mAbs
7-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2021. Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma. Journal of Personalized Medicine
8-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2020. Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma. BMC Bioinformatics
9-) Talip Zengin, Burcu Ekinci, Cansu Küçükköse, Özden Yalçın Özuysal, 2015. IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling. PLOS ONE
(A-5) Articles published in journals indexed by international indexes other than SCI or SCI Expanded, SSCI, AHCI
1-) Talip Zengin, Sercan Kılıç, Ufuk Yenigün, Serhat Erdoğmuş, Ömür Baysal, 2017. A Smart Way for Talking With Proteins; Proteomics. MOJ Proteomics & Bioinformatics
(A-7)
1-) Mehmet Cihan Sakman, Talip Zengin, Deniz Kurşun, Tuğba Önal-süzek, 2022. A Personalized Oncology Mobile Application Integrating Clinical and Genomic Features to Predict the Risk Stratification of Lung Cancer Patients via Machine Learning. Mugla Journal of Science and Technology
(B-1) Papers verbally presented or published in scientific and art meetings like international conferences, symposiums, panels, and workshops
1-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2019. A Meta-Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations in Lung Adenocarcinoma. The 6th International Workshop on Computational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control - CNB-MAC 2019
(B-2)
1-) Tuğba Önal-süzek, Talip Zengin, Başak Abak Masud, 2024. In-Silico Cancer Immunology Cohort Discovery Using TCGAnalyzeR. IMMUNO-model Second Annual Conference: From Pre-clinical Models to the Search for Biomarkers in Immuno-Oncology
2-) Başak Abak Masud, Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2022. TCGAnalyzeR: A Web Portal for Visualization of Integrated Analysis Of Subcohorts of Pan-Cancer Patients With Molecular and Clinical Data. 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB 2022
(B-3)
1-) Selahattin Aksoy, Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2024. A machine learning model for discovering repurposed drug candidates to inhibit the non-globular CTNNB1 protein within the Wnt/beta-catenin pathway in cancer.. 2nd ML4NGP Meeting on Machine Learning and Non-Globular Proteins
2-) Talip Zengin, Tuğba Süzek, 2019. Meta-Analysis Pipeline for Genomics and Transcriptomics Variations in TCGA Data. The 12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics - HIBIT 2019
3-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2018. TCGA Lung Cancer Analysis Pipeline. 9th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - ACM-BCB 2018
4-) Süleyman Arzıman, Talip Zengin, Ömür Baysal, Kubilay Kurtuluş Baştaş, 2017. In-silico analysis on gene sequence encoding type III effector proteins reflect similar host- speciation for bacterial pathogens infecting tomato. The Fourth International Conference on Sustainable Agriculture and Environment - The 4th ICSAE
5-) Seçil Kıvrak, Selin Galatalı, Melih Aşan, Serdar Işık, Hilal Büşra Tokgöz, Yeşim Kaya, Talip Zengin, Ergun Kaya, 2017. Genetic Stability Confirmation of Cryopreserved Three Different Mentha × piperita L. Cultivars Using ISSR Markers. International Green Biotechnology Congress
6-) Talip Zengin, Özden Yalçın Özuysal, 2013. IRF6 is a downstream mediator of Notch signaling in breast epithelial cells. VII. Notch Meeting
7-) Talip Zengin, Özden Yalçın Özuysal, 2013. IRF6 is a downstream mediator of Notch signaling in breast epithelial cells. II. International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey - MolBiyoKon 2013
(B-5)
1-) Talip Zengin, Başak Abak Masud, Tuğba Önal-süzek, 2023. TCGAnalyzeR: Pan-Kanser Kohort Ve Gen Keşfi İçin Moleküler Ve Klinik Veri Görselleştirmesi İçin Bir Web Aracı. 18. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
(B-6)
1-) Özden Yalçın Özuysal, Talip Zengin, 2013. Interferon Regulatory Factor 6'nın meme epitelyal hücrelerindeki rolü. XIII. Ulusal Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
(C-4) Book Chapters published by publishing houses nationally renowned in the relevant field
1-) Balta, E., Boz, S., Rende, U., Zengin, T., Erbaşol, I., 2012. Biyoenformatik I - Dizi Kıyaslamaları. Yayın Evi: Nobel Akademik Yayıncılık Editör Adı: Jens Allmer, Canan Has, Şule Yılmaz
(E-1)
1-) Synthesis, Crystal Structure, Hirshfeld Surface Analysis, DNA/BSA Interaction and Molecular Docking Studies of 2-(6-(4-chlorophenyl)-1,2,4-triazin-3-yl)quinoline - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 2
2-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 4
3-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 17
4-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 1
5-) Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 1
6-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3
7-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 16
8-) Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
9-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 13
10-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
11-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 13
12-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 8
13-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 5
14-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 6
15-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 2
16-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 5
17-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
18-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 3
19-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 5
20-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2
21-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 2
(E-2)
1-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 3
2-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 2
3-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
4-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 2
5-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
(E-6)
1-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 1
2-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
3-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1
(G-2) Being part of a project supported by international institutions (researcher, trainer, advisor, etc.)
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Avrupa Birliği. Kolorektal Peritonal Metastazlar İçin Periton İmmün Modülasyonu. 2023-2025
(G-4)
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1004. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2022--1
2-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1004. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2021-2022
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Makine Öğrenimi ile Kanser Risk Tahmini Yapan ve Risk Sonucuna Göre Kanser Karşıtı Yaşam Önerileri Sunan Web Sitesi Oluşturulması. 2021-2022
4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TCGA Klinik ve Moleküler Verilerine Dayanarak Akciğer Adenokarsinom Ve Akciğer Skuamöz Hücre Karsinomu Hastalarının Risk Tahmini İçin Mobil Uygulama Geliştirilmesi. 2021--1
5-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: TÜSEB. Genetik, Transkriptomik ve Sağkalım Verileri Kullanılarak Oluşturulacak Kanser Kohortlarına Özgü İlaç Yeniden Konumlandırma Analizi İçin Bir Web Platformunun Geliştirilmesi. 2020-2023
6-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. IRF6'nın Notch Yolağının Hücre Bölünmesini Engelleyici Yada Uyarıcı Etkilerindeki Belirleyici Rolünün Araştırılması. 2011-2014
(G-8)
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Küratörlü Bir TCGA Pan-Kanser Klinik Veri Kaynağı. 2021-2022
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Tüm Genom Sekans Analizinden Yeni Tasarlanmış Mikrosatellit Bölgelerine Spesifik Primerler Yardımıyla Restriksiyon Haritası Oluşturularak Bakterilerin Tür İçi Ayrımı. 2019-2020
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Biyoteknolojik Yöntemler Kullanılarak Patojen Elma Mozaik Virüsü (ApMV)'nin Fındık (Corylus avellana L.) Bitkisinden Eliminasyonu, Revers Transkriptaz PCR (RT-PCR) tekniği ile Virüsten Ari Bitkilerin Doğrulanması ve Sağlıklı Fidelerin Üretilmesi. 2017-2018
(G-9)
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1002. Reseptör Tirozin Kinaz İnhibitörlerinin Yanıtında Rol Oynayan Moleküler Mekanizmaların Makine Öğrenmesi ile Tespiti. 2021-2022
(I-20)
1-) Antikor-antijen moleküler kenetleme. Norveç. . 2022
2-) Antikor-antijen komplekslerinin kürasyonu. Norveç. . 2022
(I-5)
1-) International Conference on Experimental Sciences and Biotechnology (ICESB). Türkiye. . 2021
2-) 5th Symposium on EuroAsian Biodiversity (SEAB-2021). Türkiye. . 2021
3-) ICGEB Cancer Bioinformatics Tools Workshop. Türkiye. . 2021