1-) Çanakoğlu Nurettin, Berber Engin, Tonbak Şükrü, Aktaş Münir, Vatansever Zati, Özdarendeli Aykut, 2022. The Seroprevalence of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever in Wild and Domestic Animals: An Epidemiological Update for Domestic Animals and First Seroevidence in Wild Animals from Turkiye. Veterinary Sciences

2-) Berber Engin, Şimşek Emrah, Çanakoğlu Nurettin, Sürsal Şimşek Neslihan, Gençay Göksu Ayşe, 2021. Newly identified Cryptosporidium parvum virus-1 from newborn calf diarrhoea in Turkey. Transboundary and Emerging Diseases

3-) Berber Engin, Çanakoğlu Nurettin, Tonbak Şükrü, Özdarendeli Aykut, 2021. Development of a protective inactivated vaccine against Crimean–Congo hemorrhagic fever infection. Heliyon

4-) Berber Engin, Sumbria Deepak, Çanakoğlu Nurettin, 2021. Meta-analysis and comprehensive study of coronavirus outbreaks: SARS, MERS and COVID-19. Journal of Infection and Public Health

5-) Berber Engin, Çanakoğlu Nurettin, Sözdutmaz İbrahim, Şimşek Emrah, Sürsal Şimşek Neslihan, Ekinci Gencay, Kökkaya Serkan, Ambarcıoğlu Kadriye Pınar, Gençay Göksu Ayşe, Keleş İhsan, 2021. Seasonal and Age-Associated Pathogen Distribution in Newborn Calves with Diarrhea Admitted to ICU. Veterinary Sciences

6-) Çanakoğlu Nurettin, Berber Engin, Tonbak Şükrü, Ertek Mustafa, Ibrahim Sozdutmaz, Munir Aktas, Özdarendeli Aykut, 2015. Immunization of Knock Out Interferon Receptor Mice against High Lethal Dose of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus with a Cell Culture Based Vaccine. PLOS Neglected Tropical Diseases

7-) Berber Engin, Çanakoğlu Nurettin, Mustafa D Yoruk, Tonbak Şükrü, Munir Aktas, Ertek Mustafa, Bolat Yusuf, Kalkan Ahmet, Özdarendeli Aykut, 2013. Application of the pseudo plaque assay for detection and titration of Crimean Congo hemorrhagic fever virus. Journal of Virological Methods

8-) Çanakoğlu Nurettin, Berber Engin, Ertek Mustafa, D Yoruk Mustafa, Tonbak Şükrü, Bolat Yusuf, Aktas Munir, Kalkan Ahmet, Özdarendeli Aykut, 2013. Pseudo plaque reduction neutralization test PPRNT for the measurement of neutralizing antibodies to Crimean Congo hemorrhagic fever virus. Virology Journal

9-) Özdarendeli Aykut, Çanakoğlu Nurettin, Berber Engin, Aydın Kemalettin, Tonbak Şükrü, Ertek Mustafa, Buzgan Turan, Bolat Yusuf, Aktaş Münir, 2010. The complete genome analysis of Crimean Congo hemorrhagic fever virus isolated in Turkey. Virus Research

1-) Çanakoğlu Nurettin, Özdarendeli Aykut, 2021. Development of Serological Diagnostic Methods Against Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus. International Congress on Biological and Health Sciences

2-) Berber Engin, Çanakoğlu Nurettin, Sözdutmaz İbrahim, Çalışkan Merve, Shaikh Terkis Islam Pavel, Hazel Yetişkin, Özdarendeli Aykut, 2015. Determination of the Vaccine Induced Immunodominant Regions of Nucleoprotein Crimean CongoHemorrhagic Fever Virus. 17th International Conference on Virology and Infectious Diseases

1-) Berber Engin, Çanakoğlu Nurettin, Sözdutmaz İbrahim, Çalışkan Merve, Özdarendeli Aykut, 2015. Investigation of ifn y response to the inactivated vaccine developed against crimean congo hemorrhagic fever virus. 9th Vaccine & ISV Congress

1-) Çanakoğlu Nurettin, Berber Engin, 2020. Kene Örneklerinde Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi Hastalığı Virüsünün Saptanması Amacıyla Antijen ELISA Geliştirilmesi. 14. Ulusal Veteriner Mikrobiyoloji Kongresi

1-) The complete genome analysis of Crimean Congo hemorrhagic fever virus isolated in Turkey - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 6

2-) The complete genome analysis of Crimean Congo hemorrhagic fever virus isolated in Turkey - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 3

3-) Application of the pseudo plaque assay for detection and titration of Crimean Congo hemorrhagic fever virus - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 3

4-) Pseudo plaque reduction neutralization test PPRNT for the measurement of neutralizing antibodies to Crimean Congo hemorrhagic fever virus - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 2

5-) Immunization of Knock Out Interferon Receptor Mice against High Lethal Dose of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus with a Cell Culture Based Vaccine - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 6

6-) The complete genome analysis of Crimean Congo hemorrhagic fever virus isolated in Turkey - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 2

7-) Immunization of Knock Out Interferon Receptor Mice against High Lethal Dose of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus with a Cell Culture Based Vaccine - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 7

8-) Application of the pseudo plaque assay for detection and titration of Crimean Congo hemorrhagic fever virus - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 2

9-) The complete genome analysis of Crimean Congo hemorrhagic fever virus isolated in Turkey - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2

10-) The complete genome analysis of Crimean Congo hemorrhagic fever virus isolated in Turkey - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 2

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Bovine ephemeral fever (BEF) klinik bulguların 3-4 gün gibi kısa süre sonra sona ermesiyle üç gün hastalığı olarak da adlandırılmaktadır. Bu hastalık yüksek verimli sığır ve mandaların önemli verim kayıplarına ve ülkeler arası ticari kısıtlamalara yol açabilmektedir. Hastalık tropik, subtropik ve sıcak iklime sahip bölgelerde ortaya çıkmakta sivrisineklerle nakledilmektedir. Türkiye'de ilk BEF salgını 1985 yılında İç Anadolu, Güney ve Güneydoğu Anadolu bölgesinde ortaya çıkmıştır. BEF'in Türkiye'deki bu bildirimlerinin ardından 4-5 yıl aralıklarla yeni salgınlar ortaya çıkmıştır. BEF diğer viral hastalıklardan farklı olarak tedavi edilebilen nadir hastalıklardandır. Erken tanı sonrasında non-steroid uygulamaları ve kalsiyum uygulamaları ile geçici paralizin ve ölümlerin önüne büyük ölçüde geçilebilmektedir. Bu sebepten BEF hastalığında erken teşhis çok önemlidir. Hastalığın teşhisi amacıyla uluslararası arenada farklı moleküler ve serolojik testler kullanılmaktadır. Ancak ülkemizde sirküle olan virüsü hızlı bir şekilde yüksek özgüllükle tanıyabilecek bir teşhis metoduna ihtiyaç duyulmaktadır. Türkiye'de BEFV'nin hızlı teşhisine ve sürü bazında çalışmaya olanak tanıyan pratik bir yöntem bulunmamaktadır. Çalışmada buna olanak tanıyan spesifik, hızlı ve pratik bir test kiti hedeflenmiş ve sandviç ELISA kitinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. BEFV G1 antijenik bölgesi farklı BEF suşları arasında yüksek derecede korunmuşluk arz etmektedir. Aynı genustaki diğer ephemerovirüslerle çapraz reaksiyon vermeyen tek bölgedir. İmmmunodominant G1 bölgesinin gerek antijen olarak gerekse monoklonal antikor olarak tanı kitlerinde kullanımı oldukça yaygındır. Bu amaçla geliştirilecek test kitinde G1 antijenik bölgesi seçilmiş ve spresifiteyi artırması amaçlanmıştır. Bu kapsamda Bovine ephemeral fever virüs zar proteinin (glikoprotein) G1 epitopik bölgesini içeren peptidler sentetik olarak elde edilecek ve farelerde immunizasyon gerçekleştirilecektir. Füzyon işleminden sonra spesifik antikoru üreten hibridomaların üretimi yapılacak ve sentezlenen monoklonal antikorlar çoğaltılarak saflaştırılacaktır. Daha sonra spesifik monoklonal antikorlar kullanılarak klinik örneklerden antijen saptamaya yönelik bir sandviç ELISA test sisteminin prototipi geliştirilmiş olacaktır. Üretilecek ELISA kiti veteriner hekim, araştırmacı ve teşhis laboratuvar çalışanlarının kullanımına sunulacak olup çok sayıda hastanın aynı anda teşhisine imkan tanıyarak zamandan tasarruf sağlayacaktır. Erken teşhis ve tedavi ile hastalığın bertaraf edilmesi hayvan sağlığı yanında dolaylı olarak toplum sağlığı ve yaşam kalitesine de katkı sağlayacaktır. Ayrıca üretilen monoklonal antikorlardan gelecekte strip test gibi hızlı tanı kit tasarımları yapılması hedeflenmektedir. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Bovine Ephemeral Fever Virüs'ün G1 Antijenik Bölgesine Yönelik Monoklonal Antikor Üretimi ve Sandviç ELISA Geliştirilmesi. 2021-2022

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Photobacterium damselae subsp. piscicida, ?-Proteobacteria alt sınıfında, Vibrionaceae ailesine dahil, Gram negatif, fakültatif hücre içi, halofilik bir bakteridir. Bu etken, geniş konakçı yelpazesi, büyük ölüm oranı, yaygın antibiyotik direnci ve yeterince etkili aşıların bulunmaması nedeniyle dünya çapında deniz ürünleri yetiştiriciliğinde çok ciddi bir bakteriyel septisemi ile seyreden akut balık fotobakteriyozundan (psödotüberküloz) sorumlu birincil patojendir. Günümüzde, balık türlerinde enfeksiyonlarla mücadele, özellikle ülkemizde aşılama uygulamaları ve kemoterapotik ajanlarla sürdürülmektedir. Bu uygulamalar, mücadelede önemli bir yer tutmakla birlikte, kemoterapotik ajanların kullanımı bakteriyel direnç gelişimi ve yayılımı gibi halk sağlığı açısından önemli riskleri de beraberinde getirmektedir. Hastalığa karşı birkaç aşı preparatı geliştirilmiş ve hali hazırda sahada uygulaması devam etmektedir ancak bunlar infeksiyonla mücadelede her zaman yeterince etkili olmamaktadır. Ülkemizde de çipura ve levrek kültür balıkçılığı açısından sorun teşkil eden bu hastalık etkenine karşı aşılama uygulamaları yapılmasına karşın infeksiyon halen varlığını sürdürmekte ve ciddi ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Bakteriyel virülans faktörleri, kısmen konak savunmasını altüst ederek veya atlatarak bakterinin bir konak içinde çoğalmasına ve yayılmasına yardımcı olmak için üretilen moleküllerdir. Patojene ait virülans özelliklerin bilinmesi, bölgesel bazda virülans faktörlerinin ortaya çıkarılması hastalıklarla mücadele açısında önem taşımaktadır. Ancak dünyada Photobacterium damselae subsp. piscicida etkenine ait virülans gen çalışmaları kısıtlı sayıdadır. Ülkemiz sularında üretimi yapılan kültür balıklarında ortaya çıkan Photobacterium damselae subsp. piscicida olgularına ait etken virülans özelliklerinin tanımlandığı herhangi bir çalışmaya ise rastlanmamıştır. Hastalıklara karşı profilaktik stratejilerin geliştirilmesi, infeksiyon sırasında ifade edilen patojen bileşenlerinin ve bunların düzenlenmesinde yer alan mekanizmaların tanımlanmasını gerektirmektedir. Buradan yola çıkarak planlanan çalışmamızda, kıyılarımızda özellikle Muğla yöresinde yetiştiriciliği yapılan çipura ve levreklerde muhtemel pseudotüberküloz hastalık olgularından etken izolasyonları yapılarak biyokimyasal yollarla identifiye edilecektir. Ülkemiz sınırları içerisinden izole ve identifiye edilen P. damselae subsp. piscicida suşlarına ait virülans genlerin varlığı moleküler yöntemlerle analiz edilecektir. Bu çalışmanın amacı Türkiye'de farklı çipura ve levrek çiftlik balıklarından izole edilen P. damselae subsp. piscicida etkenlerine ait virülans genlerin varlığını ve yaygınlığını araştırmaktır. Ayrıca yıl boyunca izole ve identifiye edilen suşlara ait antimikrobiyal direnç özellikleri belirlenecektir. Bu çalışmanın sonuçları, Türkiye'deki özellikle Muğla'daki balık çiftliklerinde pseudotüberküloz hastalığının epidemiyolojisini daha da aydınlatacak ve bu da bakterinin virülans gen repertuarlarının, moleküler özelliklerinin ve patogenezinin daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır. Çalışma sonuçları gelecekte olası hastalık salgınının teşhisi, önlenmesi, proflaktik amaçlı aşı materyallerinin geliştirilebilmesi açısından faydalı olacaktır. Projemiz kapsamında, gerek Milas Veteriner Fakültesi Viroloji ve Mikrobiyoloji Laboratuvarları dahilinde yürütülecek çalışmaların gerçekleştirilebilmesi için altyapı eksikliklerinin giderilmesi planlanmaktadır. Fakultemiz bünyesinde bilimsel faaliyetlerini yürüten arastırcıların daha kapsamlı ve teknoloji gerektiren projelere uygun bir altyapıda calisabilmeleri icin Tablo 2'de yer alan cihaz eksikliklerin karşılanmasi talep edilmektedir. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Deniz kültür balıklarından izole edilen Photobacterium damselae subsp. piscicida suşlarının virülans gen profillerinin karakterizasyonu ve antimikrobiyal direnç özelliklerinin belirlenmesi. 2022-2023

2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Milas Veteriner Fakültesi bölge hayvancılık sektörünün gelişmesine katkı sağlamak amacı ile 2015 kurulmuştur ve bu misyonunu devam ettirme amacıyla hızla gelişmektedir. Bölge hayvancılık sektörünün en temel ihtiyaçları arasında enfeksiyöz karakterdeki hastalıklarla mücadele edilmesi yer almaktadır. Bölgemiz özellikle balıkçılık ve büyükbaş hayvan yetiştiriciliği açısından oldukça önemlidir. Bu endüstride verim kayıplara neden olan hastalıkların araştırılabilmesi için laboratuvar ortamında izolasyon ve identifikasyon çalışmalarının yapılmasına ihtiyaç vardır. Proje önerisi kapsamında Milas Veteriner Fakültesi Viroloji ve Mikrobiyoloji laboratuvar altyapısının geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Böylece virüs ve bakteri izolasyonları gerçekleşebilecek, önemli enfeksiyöz hastalıkların teşhis ve identifikasyon işlemleri yürütülebilecek, bölgesel enfeksiyöz hastalıklarla mücadele stratejileri planlanabilecek ve öğrenci uygulamaları yürütülebilecektir. Bölge hayvancılığına ve ülke bilimine katkıda bulunmak amacıyla antiviral ve antibakteriyel tedavi seçenekleri, diagnostik amaçla kullanılacak test kiti prototipleri ve hayvan sağlığında hastalıklarla mücadelenin en önemli silahlarından biri olan koruyucu aşı çalışmaları planlanacaktır. Ayrıca en önemli halk sağlığı problemlerinden biri olan zoonoz hastalıklarla veteriner fakülteleri bünyelerinde yar alan mikrobiyoloji, viroloji anabilim dallarında yürütülen çalışmalar önem kazanmaktadır. Özellikle başta fakültemizin hitap ettiği alanda en çok yetiştirilen hayvan türleri olmak üzere bölgedeki tüm hayvanlarda görülen infeksiyöz etkenlerin belirlenmesi, identifikasyonu ve hastalıkların tedavilerinde kullanılacak preparatların saptanması çalışmaları ile hastalık olgularının sayısının azaltılması, hatta eradikasyonunda fakültemiz bünyesinde bulunan klinik Öncesi bilimler bölüm faaliyetleri önem arz etmektedir. Bütün bu ihtiyaçlara cevap verebilecek ekipman ve cihaz altyapısının sağlanması projenin özgün ve yaygın etkisini oluşturmaktadır. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Milas Veteriner Fakültesi Viroloji-Mikrobiyoloji Laboratuvar Altyapısının Geliştirilmesi. 2021-2022