1-) Talip Zengin, Başak Abak Masud, Tuğba Önal-süzek, 2024. TCGAnalyzeR: An Online Pan-Cancer Tool for Integrative Visualization of Molecular and Clinical Data of Cancer Patients for Cohort and Associated Gene Discovery. Cancers

2-) Selin Galatalı, Talip Zengin, Ergun Kaya, 2024. Expression analysis of ML237, R2R3 MYB and OIL_143 genes that affect the cold tolerance during the cold-hardening stage on successful cryopreservation of Mentha × piperita L.. Journal of Animal and Plant Sciences

3-) Özge Kurt, Talip Zengin, Yakup Üstün, 2023. Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals. Australian Endodontic Journal

4-) Rana Salihoğlu, Fatih Saraçoğlu, Mustafa Sibai, Talip Zengin, Başak Abak Masud, Onur Karasoy, Tuğba Süzek, 2023. CompCorona: A web application for comparative transcriptome analyses of coronaviruses reveals SARS-CoV-2-specific host response. Turkish Journal of Biology

5-) Tolga Göktürk, Talip Zengin, Tuncer Hökelek, Cansu Gökçe Topkaya, Ramazan Güp, 2023. Synthesis, Crystal Structure, Hirshfeld Surface Analysis, DNA/BSA Interaction and Molecular Docking Studies of 2-(6-(4-chlorophenyl)-1,2,4-triazin-3-yl)quinoline. Journal of Molecular Structure

6-) Rahmad Akbar, Habib Bashour, Puneet Rawat, Philippe A. Robert, Eva Smorodina, Tudor-stefan Cotet, Karine Flem-karlsen, Robert Frank, Brij Bhushan Mehta, Mai Ha Vu, Talip Zengin, Jose Gutierrez-marcos, Fridtjof Lund-johansen, Jan Terje Andersen & Victor Greiff, 2022. Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies. mAbs

7-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2021. Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma. Journal of Personalized Medicine

8-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2020. Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma. BMC Bioinformatics

9-) Talip Zengin, Burcu Ekinci, Cansu Küçükköse, Özden Yalçın Özuysal, 2015. IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling. PLOS ONE

1-) Talip Zengin, Sercan Kılıç, Ufuk Yenigün, Serhat Erdoğmuş, Ömür Baysal, 2017. A Smart Way for Talking With Proteins; Proteomics. MOJ Proteomics & Bioinformatics

1-) Mehmet Cihan Sakman, Talip Zengin, Deniz Kurşun, Tuğba Önal-süzek, 2022. A Personalized Oncology Mobile Application Integrating Clinical and Genomic Features to Predict the Risk Stratification of Lung Cancer Patients via Machine Learning. Mugla Journal of Science and Technology

1-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2019. A Meta-Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations in Lung Adenocarcinoma. The 6th International Workshop on Computational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control - CNB-MAC 2019

1-) Tuğba Önal-süzek, Talip Zengin, Başak Abak Masud, 2024. In-Silico Cancer Immunology Cohort Discovery Using TCGAnalyzeR. IMMUNO-model Second Annual Conference: From Pre-clinical Models to the Search for Biomarkers in Immuno-Oncology

2-) Başak Abak Masud, Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2022. TCGAnalyzeR: A Web Portal for Visualization of Integrated Analysis Of Subcohorts of Pan-Cancer Patients With Molecular and Clinical Data. 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB 2022

1-) Selahattin Aksoy, Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2024. A machine learning model for discovering repurposed drug candidates to inhibit the non-globular CTNNB1 protein within the Wnt/beta-catenin pathway in cancer.. 2nd ML4NGP Meeting on Machine Learning and Non-Globular Proteins

2-) Talip Zengin, Tuğba Süzek, 2019. Meta-Analysis Pipeline for Genomics and Transcriptomics Variations in TCGA Data. The 12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics - HIBIT 2019

3-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2018. TCGA Lung Cancer Analysis Pipeline. 9th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - ACM-BCB 2018

4-) Süleyman Arzıman, Talip Zengin, Ömür Baysal, Kubilay Kurtuluş Baştaş, 2017. In-silico analysis on gene sequence encoding type III effector proteins reflect similar host- speciation for bacterial pathogens infecting tomato. The Fourth International Conference on Sustainable Agriculture and Environment - The 4th ICSAE

5-) Seçil Kıvrak, Selin Galatalı, Melih Aşan, Serdar Işık, Hilal Büşra Tokgöz, Yeşim Kaya, Talip Zengin, Ergun Kaya, 2017. Genetic Stability Confirmation of Cryopreserved Three Different Mentha × piperita L. Cultivars Using ISSR Markers. International Green Biotechnology Congress

6-) Talip Zengin, Özden Yalçın Özuysal, 2013. IRF6 is a downstream mediator of Notch signaling in breast epithelial cells. VII. Notch Meeting

7-) Talip Zengin, Özden Yalçın Özuysal, 2013. IRF6 is a downstream mediator of Notch signaling in breast epithelial cells. II. International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey - MolBiyoKon 2013

1-) Talip Zengin, Başak Abak Masud, Tuğba Önal-süzek, 2023. TCGAnalyzeR: Pan-Kanser Kohort Ve Gen Keşfi İçin Moleküler Ve Klinik Veri Görselleştirmesi İçin Bir Web Aracı. 18. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi

1-) Özden Yalçın Özuysal, Talip Zengin, 2013. Interferon Regulatory Factor 6'nın meme epitelyal hücrelerindeki rolü. XIII. Ulusal Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi

1-) Balta, E., Boz, S., Rende, U., Zengin, T., Erbaşol, I., 2012. Biyoenformatik I - Dizi Kıyaslamaları. Yayın Evi: Nobel Akademik Yayıncılık Editör Adı: Jens Allmer, Canan Has, Şule Yılmaz

1-) Synthesis, Crystal Structure, Hirshfeld Surface Analysis, DNA/BSA Interaction and Molecular Docking Studies of 2-(6-(4-chlorophenyl)-1,2,4-triazin-3-yl)quinoline - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 2

2-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 4

3-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 17

4-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 1

5-) Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 1

6-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

7-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 16

8-) Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

9-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 13

10-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

11-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 13

12-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 8

13-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 5

14-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 6

15-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 2

16-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 5

17-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1

18-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 3

19-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 5

20-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2

21-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 2

1-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 3

2-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 2

3-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

4-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 2

5-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1

1-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 1

2-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

3-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Avrupa Birliği. Kolorektal Peritonal Metastazlar İçin Periton İmmün Modülasyonu. 2023-2025

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1004. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2022--1

2-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1004. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2021-2022

3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Makine Öğrenimi ile Kanser Risk Tahmini Yapan ve Risk Sonucuna Göre Kanser Karşıtı Yaşam Önerileri Sunan Web Sitesi Oluşturulması. 2021-2022

4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TCGA Klinik ve Moleküler Verilerine Dayanarak Akciğer Adenokarsinom Ve Akciğer Skuamöz Hücre Karsinomu Hastalarının Risk Tahmini İçin Mobil Uygulama Geliştirilmesi. 2021--1

5-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: TÜSEB. Genetik, Transkriptomik ve Sağkalım Verileri Kullanılarak Oluşturulacak Kanser Kohortlarına Özgü İlaç Yeniden Konumlandırma Analizi İçin Bir Web Platformunun Geliştirilmesi. 2020-2023

6-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. IRF6'nın Notch Yolağının Hücre Bölünmesini Engelleyici Yada Uyarıcı Etkilerindeki Belirleyici Rolünün Araştırılması. 2011-2014

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Küratörlü Bir TCGA Pan-Kanser Klinik Veri Kaynağı. 2021-2022

2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Tüm Genom Sekans Analizinden Yeni Tasarlanmış Mikrosatellit Bölgelerine Spesifik Primerler Yardımıyla Restriksiyon Haritası Oluşturularak Bakterilerin Tür İçi Ayrımı. 2019-2020

3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Biyoteknolojik Yöntemler Kullanılarak Patojen Elma Mozaik Virüsü (ApMV)'nin Fındık (Corylus avellana L.) Bitkisinden Eliminasyonu, Revers Transkriptaz PCR (RT-PCR) tekniği ile Virüsten Ari Bitkilerin Doğrulanması ve Sağlıklı Fidelerin Üretilmesi. 2017-2018

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1002. Reseptör Tirozin Kinaz İnhibitörlerinin Yanıtında Rol Oynayan Moleküler Mekanizmaların Makine Öğrenmesi ile Tespiti. 2021-2022

1-) Antikor-antijen moleküler kenetleme. Norveç. . 2022

2-) Antikor-antijen komplekslerinin kürasyonu. Norveç. . 2022

1-) International Conference on Experimental Sciences and Biotechnology (ICESB). Türkiye. . 2021

2-) 5th Symposium on EuroAsian Biodiversity (SEAB-2021). Türkiye. . 2021

3-) ICGEB Cancer Bioinformatics Tools Workshop. Türkiye. . 2021