Muğla Üniversitesi’nde, her yeni gelen öğrenciye, bölüm ilgili başkanları tarafından önerilen ve fakülte / yüksekokul kurulunun onayından sonra kesinleşen bir akademik danışmana atanır. Akademik danışman, eğitim ve öğretim ile ilgili dersler, sınavlar, üniversite yönetmelikleri veya ilgili diğer konularda öğrenciler için bir rehber görevi görür. Öğrencileri mezuniyete kadar bu danışmanlarının gözetiminde kalırlar. Ancak, ders önkoşulları, danışmanın tavsiyeleri, bölüm müfredatı ve mezuniyet gereklerine uygun olarak ders seçmek öğrencinin sorumluluğudur.