Üniversitesi lisans programlarına kabul, Türkiye'de yükseköğretimi düzenleyen kurallara dayanır. Yükseköğrenim hakkı Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi yılda bir kez ülke çapında düzenlenen Üniversiteye Giriş Sınavı ile verilir. Sınava girerek bir yerleşim hakkı kazanan ve tercihlerini Muğla Üniversitesi ile yapanlar fakültelere ve yüksekokullara birinci yıl için kayıt yaptırabilirler.

Türk üniversitelerinde tam zamanlı lisans programına devam etmek isteyen uluslararası öğrenciler de Merkezi tarafından yönetilen Yabancı Öğrenciler için Üniversite Giriş Sınavı olarak adlandırılan ayrı bir sınava girmek zorundadırlar.

İl yıl öğrencilerinin çeşitli bölümlere ve üniversite programlarına kayıt işlemleri Öğrenci İşleri Ofisi ile koordineli olarak fakülte ve yüksekokulların kayıt bürolarında yapılır. Öğrencilere kayıt için gerekli tüm belgeler ve formlar ile önceden verilir.

Güzel Sanatlar Fakültesi ve Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu’ndaki tüm bölümler ve
Resim-İş Eğitimi ve Müzik Eğitimi bölümleri için başvuranların Üniversite tarafından belirlenen belirli yetkinlik sınavları geçmeleri gerekir.