1-) Çiloğlu Arif, Yıldırım Alparslan, Pekmezci Didem, Yetişmiş Gamze, Sürsal Şimşek Neslihan, Şimşek Emrah, Düzlü Önder, Önder Zuhal, Delibaşı Kökçü Nesrin, Pekmezci Gökmen Zafer, Ellis Vıncenzo, İnci Abdullah, 2023. A novel one-step multiplex PCR protocol to detect avian haemosporidian parasites in the subgenus Haemoproteus (Kruse, 1890) used to quantify parasite prevalence in domestic pigeons (Columba livia) in Turkey. VETERINARY RESEARCH COMMUNICATIONS

2-) Yetişmiş Gamze, Yıldırım Alparslan, Pekmezci Didem, Düzlü Önder, Çiloğlu Arif, Önder Zuhal, Şimşek Emrah, Ercan Nuri, Pekmezci Gökmen Zafer, İnci Abdullah, 2022. First report and genotyping of Dientamoeba fragilis in pet budgerigars (Melopsittacus undulatus), with zoonotic importance. ZOONOSES AND PUBLIC HEALTH

3-) Pekmezci Gökmen Zafer, Yıldırım Alparslan, Düzlü Önder, Şimşek Emrah, Balta Fikri, Yardımcı Banu, Onuk Ertan Emek, Önder Zuhal, Çiloğlu Arif, Yetişmiş Gamze, Yılmaz Erdal, İnci Abdullah, 2022. Genetic diversity of Ichthyophthirius multifiliis (Fouquet, 1876) infecting farmed rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) in Turkey. JOURNAL OF FISH DISEASES

4-) Arslan Afra Hacer, Uysal Çiloğlu Fatma, Yılmaz Ümmü Gülsüm, Şimşek Emrah, Aydın Ömer, 2022. Discrimination of waterborne pathogens, Cryptosporidium parvum oocysts and bacteria using surface-enhanced Raman spectroscopy coupled with principal component analysis and hierarchical clustering. SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY

5-) Berber Engin, Şimşek Emrah, Çanakoğlu Nurettin, Sürsal Şimşek Neslihan, Gençay Göksu Ayşe, 2021. Newly identified Cryptosporidium parvum virus-1 from newborn calf diarrhoea in Turkey. TRANSBOUNDARY AND EMERGING DISEASES

6-) Berber Engin, Çanakoğlu Nurettin, Sözdutmaz İbrahim, Şimşek Emrah, Sürsal Şimşek Neslihan, Ekinci Gencay, Kökkaya Serkan, Arıkan Ebru, Ambarcıoğlu Kadriye Pınar, Gençay Göksu Ayşe, Keleş İhsan, 2021. Seasonal and Age-Associated Pathogen Distribution in Newborn Calves with Diarrhea Admitted to ICU. Veterinary Sciences

7-) Önder Zuhal, Yıldırım Alparslan, Pekmezci Didem, Düzlü Önder, Pekmezci Gökmen Zafer, Çiloğlu Arif, Şimşek Emrah, Delibaşı Kökçü Nesrin, Yetişmiş Gamze, Ercan Nuri, İnci Abdullah, 2021. Molecular identification and subtype distribution of Blastocystis sp. in farm and pet animals in Turkey. Acta Tropica

8-) Çiloğlu Arif, İbiş Osman, Yıldırım Alparslan, Aktaş Münur, Düzlü Önder, Önder Zuhal, Şimşek Emrah, Yetişmiş Gamze, Ellis Vıncenzo, İnci Abdullah, 2021. Complete mitochondrial genome characterization and phylogenetic analyses of the main vector of Crimean-Congo haemorrhagic fever virus: Hyalomma marginatum Koch, 1844. Ticks and Tick-borne Diseases

9-) Yıldırım Alparslan, Adanır Ramazan, İnci Abdullah, Yukarı Bayram Ali, Düzlü Önder, Önder Zuhal, Çiloğlu Arif, Şimşek Emrah, 2020. Prevalence and genotyping of bovine Cryptosporidium species in the Mediterranean and Central Anatolia Region of Turkey. COMPARATIVE IMMUNOLOGY MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASES

10-) Önder Zuhal, Şimşek Emrah, Düzlü Önder, Yetişmiş Gamze, Çiloğlu Arif, Okur Mübeccel, Delibaşı Kökçü Nesrin, İnci Abdullah, Yıldırım Alparslan, 2020. Molecular prevalence and genotyping of Giardia duodenalisin cattle in Central Anatolia Region of Turkey. PARASITOLOGY RESEARCH

11-) Düzlü Önder, Yıldırım Alparslan, Yetişmiş Gamze, Önder Zuhal, Şimşek Emrah, Çiloğlu Arif, Şahingöz Demirpolat Gözde, İnci Abdullah, 2020. Development and field evaluation of a species-specific mt-COI targeted SYBR-Green Real Time PCR for detection and quantification of Haemonchus contortus in cattle in Turkey. VETERINARY PARASITOLOGY

12-) Yıldırım Alparslan, Okur Mübeccel, Usluğ Sadullah, Önder Zuhal, Yetişmiş Gamze, Düzlü Önder, Çiloğlu Arif, Şimşek Emrah, İnci Abdullah, 2020. First report on the molecular prevalence of Enterocytozoon bieneusiin horses in Turkey: genotype distributions and zoonotic potential. PARASITOLOGY RESEARCH

13-) Sürsal Şimşek Neslihan, Şimşek Emrah, Yıldız Kader, 2020. Feline Giardiasis in Turkey: Prevalence and Genetic and Haplotype Diversity of Giardia duodenalis Based on the ß-Giardin Gene Sequence in Symptomatic Cats. JOURNAL OF PARASITOLOGY

14-) Çiloğlu Arif, Yıldırım Alparslan, Önder Zuhal, Yetişmiş Gamze, Düzlü Önder, Şimşek Emrah, İnci Abdullah, 2020. Molecular characterization of poultry red mite Dermanyssus gallinae lineages in Turkey and first report of Plasmodium species in the mite populations. INTERNATIONAL JOURNAL OF ACAROLOGY

15-) Ertaş Onmaz Nurhan, Yıldırım Yeliz, Karadal Fulden, Hızlısoy Harun, Al Serhat, Güngör Candan, Dişli Hüseyin Burak, Barel Mukaddes, Dışhan Adalet, Tegin Ruslan Adil Akai, Şimşek Emrah, 2020. Escherichia coli O157 in fish: Prevalence, antimicrobial resistance, biofilm formation capacity, and molecular characterization. LWT-FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY

16-) Şimşek Emrah, Pekmezci Gökmen Zafer, Yıldırım Alparslan, Düzlü Önder, Önder Zuhal, Çiloğlu Arif, Sürsal Neslihan, Yılmaz Erdal, Gönülalan Zafer, İnci Abdullah, 2020. Investigation of Anisakis larvae in different products of ready-to-eat fish meat and imported frozen fish in Turkey. INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY

17-) Şimşek Emrah, Çiloğlu Arif, Yıldırım Alparslan, Pekmezci Gökmen Zafer, 2018. Identification and Molecular Characterization of Hysterothylacium (Nematoda: Raphidascarididae) Larvae in Bogue (Boops boops L.) from the Aegean Sea, Turkey. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi

18-) Şimşek Emrah, Yıldırım Alparslan, Yılmaz Erdal, İnci Abdullah, Düzlü Önder, Önder Zuhal, Çiloğlu Arif, Yetişmiş Gamze, Pekmezci Gökmen Zafer, 2018. Occurrence and molecular characterization of Clinostomum complanatum (Trematoda: Clinostomidae) in freshwater fishes caught from Turkey. PARASITOLOGY RESEARCH

19-) Bozkurt Mehmet, Ege Gökhan, Aysul Nuran, Akşit Hasan, Tüzün Ahmet Engin, Küçükyılmaz Kamil, Borum Ayşe Ebru, Uygun Murat, Akşit Dilek, Aypak Süleyman, Şimşek Emrah, Seyrek Kamil, Koçer Bahattin, Bintaş Erol, Orojpour Amir, 2016. Effect of anticoccidial monensin with oregano essential oil on broilers experimentally challenged with mixed Eimeria spp. POULTRY SCIENCE

20-) Şimşek Emrah, Çiloğlu Arif, Aypak Süleyman, Yıldırım Alparslan, Aldemir Osman Selçuk, Ünlü Ahmet Hakan, Pekmezci Gökmen Zafer, 2016. First Molecular Characterization of Raphidascaris acus Bloch 1779 Nematoda Anisakidae from European eels Anguilla anguillaLinnaeus 1758 Caught off the Aegean Region Streams Turkey. Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi

21-) Aypak Süleyman, Eren Hasan, Bakırcı Serkan, Hacılarlıoğlu Selin, Şimşek Emrah, Boğa Kuru Buket, Güler Asude Gülçe, Ünlü Ahmet Hakan, 2013. Parasites Detected by Examination of Fecal Samples in Wrestling Camels. Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi

22-) Aypak Süleyman, Gökbulut Cengiz, Voyvoda Hüseyin, Gültekin Mehmet, Şimşek Emrah, Güler Asude Gülçe, 2013. Influence of the Route of Administration on Therapeutic Efficacy of Ivermectin in Saanen and Damascus Goats Naturally Infected with Trichostrongylidae spp. Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi

1-) Sürsal Şimşek Neslihan, Şimşek Emrah, Yıldız Kader, 2020. Occurrence and First Molecular Characterization of Cryptosporidium felis in a Cat in Turkey. Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi

1-) Tokalıoğlu Şerife, Gönülalan Zafer, Şimşek Emrah, Ertaş Onmaz Nurhan, Yılmaz Erdal, 2023. Bioaccumulation of Heavy Metals in Freshwater Fish Species Retailed in Kayseri Region: Potential Public Health Hazard of Toxic Metals. Bozok Veterinary Science

2-) Şimşek Emrah, Sürsal Şimşek Neslihan, Karademir Gupse Kübra, Pekmezci Gökmen Zafer, 2021. First Molecular Characterization of Hysterothylacium Fabri Larvae (Nematoda: Raphidascarididae) in the Mediterranean Sea Based on the Small Subunit Ribosomal RNA Gene Sequence. Kocatepe Veterinary Journal

3-) Şimşek Emrah, Yıldırım Alparslan, İnci Abdullah, Düzlü Önder, Yılmaz Erdal, Önder Zuhal, Çiloğlu Arif, Pekmezci Gökmen Zafer, 2020. Türkiye’de Tatlı Su Kefali’nin (Squalius cephalus) Solungaçlarını Enfekte Eden Posthodiplostomum cuticola (von Nordmann, 1832) Dubois, 1936 (Trematoda: Diplostomidae) Metaserkerlerinin İlk Moleküler Karakterizasyonu. Kocatepe Veterinary Journal

4-) Şimşek Emrah, Aldemir Osman Selçuk, 2020. Aydın/Bozdoğan Yöresinde Yetiştirilen Gökkuşağı Alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss)Paraziter Yaygınlığın Araştırılması. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi

5-) Şimşek Emrah, 2019. First Molecular Data on Myxobolus episquamalis (Myxozoa: Myxosporea) Infecting the Scale of Grey Mullet (iMugil cephalus/i) from Turkey. Türkiye Parazitoloji Dergisi

6-) Ünübol Aypak Serap, Aypak Süleyman, Voyvoda Hüseyin, Güven Gülşen, Dereli Fidan Evrim, Tosun Gamze, Gültekin Mehmet, Şimşek Emrah, Güler Asude Gülçe, 2016. Comparative Analysis of Serum Mineral Levels and Parasite Load inGoats Naturally Infected with Gastrointestinal Nematodes. Türkiye Parazitoloji Dergisi

1-) Aldemir Osman Selçuk, Şimşek Emrah, Ayan Adnan, 2014. The First Case Of Otomyiasis Caused By Sarcophaga Spp Diptera Sarcophagidae Larvae In A Goose In The World. Türkiye Parazitoloji Dergisi

2-) Aldemir Osman Selçuk, Ural Kerem, Aysul Nuran, Derincegöz Onur, Şimşek Emrah, Güler Asude Gülçe, 2012. Bir Köpekte Travmatik Myiasis Olgusu. Türkiye Parazitoloji Dergisi

1-) Yıldırım Alparslan, Sevinç Ferda, Önder Zuhal, Düzlü Önder, Derinbay Ekici Özlem, Işık Nermin, Çiloğlu Arif, Şimşek Emrah, Yetişmiş Gamze, İnci Abdullah, 2021. Comparison of three diagnostic methods in the diagnosis of cryptosporidiosis and gp60 subtyping of Cryptosporidium parvum in diarrheic calves in Central Anatolia Region of Turkey. The EuroBiotech Journal

1-) Şimşek Emrah, Yılmaz Erdal, 2017. Anisakiasis ve Halk Sağlığı. Turkiye Klinikleri J Food Hyg Technol-Special Topics

2-) Aysul Nuran, Eren Hasan, Gargılı Keleş Ayşen, Ertabaklar Hatice, Ertuğ Sema, Şimşek Emrah, Vuruşaner Cem, 2012. İstanbul İlinde Köpeklerde Zoonotik Visseral Leishmaniasisin Araştırılması. Animal Health, Production and Hygiene

1-) Effect of anticoccidial monensin with oregano essential oil on broilers experimentally challenged with mixed Eimeria spp - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 4

2-) Escherichia coli O157 in fish: Prevalence, antimicrobial resistance, biofilm formation capacity, and molecular characterization - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

3-) Prevalence and genotyping of bovine Cryptosporidium species in the Mediterranean and Central Anatolia Region of Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

4-) Molecular identification and subtype distribution of Blastocystis sp. in farm and pet animals in Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

5-) Molecular prevalence and genotyping of Giardia duodenalisin cattle in Central Anatolia Region of Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 2

6-) Discrimination of waterborne pathogens, Cryptosporidium parvum oocysts and bacteria using surface-enhanced Raman spectroscopy coupled with principal component analysis and hierarchical clustering - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

7-) Comparison of three diagnostic methods in the diagnosis of cryptosporidiosis and gp60 subtyping of Cryptosporidium parvum in diarrheic calves in Central Anatolia Region of Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

8-) Occurrence and molecular characterization of Clinostomum complanatum (Trematoda: Clinostomidae) in freshwater fishes caught from Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

9-) Molecular characterization of poultry red mite Dermanyssus gallinae lineages in Turkey and first report of Plasmodium species in the mite populations - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

10-) Occurrence and First Molecular Characterization of Cryptosporidium felis in a Cat in Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

11-) Feline Giardiasis in Turkey: Prevalence and Genetic and Haplotype Diversity of Giardia duodenalis Based on the ß-Giardin Gene Sequence in Symptomatic Cats - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 4

12-) First report on the molecular prevalence of Enterocytozoon bieneusiin horses in Turkey: genotype distributions and zoonotic potential - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

13-) Seasonal and Age-Associated Pathogen Distribution in Newborn Calves with Diarrhea Admitted to ICU - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

14-) Parasites Detected by Examination of Fecal Samples in Wrestling Camels - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

15-) Identification and Molecular Characterization of Hysterothylacium (Nematoda: Raphidascarididae) Larvae in Bogue (Boops boops L.) from the Aegean Sea, Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

16-) Development and field evaluation of a species-specific mt-COI targeted SYBR-Green Real Time PCR for detection and quantification of Haemonchus contortus in cattle in Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

17-) Newly identified Cryptosporidium parvum virus-1 from newborn calf diarrhoea in Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 2

18-) Genetic diversity of Ichthyophthirius multifiliis (Fouquet, 1876) infecting farmed rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) in Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

19-) A novel one-step multiplex PCR protocol to detect avian haemosporidian parasites in the subgenus Haemoproteus (Kruse, 1890) used to quantify parasite prevalence in domestic pigeons (Columba livia) in Turkey - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

20-) Effect of anticoccidial monensin with oregano essential oil on broilers experimentally challenged with mixed Eimeria spp - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 6

21-) Occurrence and molecular characterization of Clinostomum complanatum (Trematoda: Clinostomidae) in freshwater fishes caught from Turkey - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 2

22-) Escherichia coli O157 in fish: Prevalence, antimicrobial resistance, biofilm formation capacity, and molecular characterization - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 6

23-) Feline Giardiasis in Turkey: Prevalence and Genetic and Haplotype Diversity of Giardia duodenalis Based on the ß-Giardin Gene Sequence in Symptomatic Cats - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

24-) First report on the molecular prevalence of Enterocytozoon bieneusiin horses in Turkey: genotype distributions and zoonotic potential - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

25-) Investigation of Anisakis larvae in different products of ready-to-eat fish meat and imported frozen fish in Turkey - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

26-) Molecular characterization of poultry red mite Dermanyssus gallinae lineages in Turkey and first report of Plasmodium species in the mite populations - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 2

27-) Molecular prevalence and genotyping of Giardia duodenalisin cattle in Central Anatolia Region of Turkey - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 4

28-) Occurrence and First Molecular Characterization of Cryptosporidium felis in a Cat in Turkey - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 2

29-) Prevalence and genotyping of bovine Cryptosporidium species in the Mediterranean and Central Anatolia Region of Turkey - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 5

30-) Comparison of three diagnostic methods in the diagnosis of cryptosporidiosis and gp60 subtyping of Cryptosporidium parvum in diarrheic calves in Central Anatolia Region of Turkey - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 3

31-) Complete mitochondrial genome characterization and phylogenetic analyses of the main vector of Crimean-Congo haemorrhagic fever virus: Hyalomma marginatum Koch, 1844 - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 9

32-) Molecular identification and subtype distribution of Blastocystis sp. in farm and pet animals in Turkey - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 5

33-) Seasonal and Age-Associated Pathogen Distribution in Newborn Calves with Diarrhea Admitted to ICU - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

34-) Discrimination of waterborne pathogens, Cryptosporidium parvum oocysts and bacteria using surface-enhanced Raman spectroscopy coupled with principal component analysis and hierarchical clustering - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 4

35-) First report and genotyping of Dientamoeba fragilis in pet budgerigars (Melopsittacus undulatus), with zoonotic importance - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 2

1-) Tez Adı: Cryptosporidium parvum ookistlerinin yüzeyde zenginleştirilmiş raman saçılması ile incelenmesi. Konu: Cryptosporidium parvum ookistlerinin yüzeyde zenginleştirilmiş raman saçılması ile incelenmesi. AFRA HACER-ARSLAN. 2020

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1001. Türkiye’nin Orta Karadeniz Bölgesi’nde ve Tunus’un Üç Endemik Bölgesindeki Phlebotomine Kum Sinekleri ve Köpeklerde Leishmania Türlerinin Moleküler Araştırılması: İklimsel ve Çevresel Faktörler Bazında Mevsimsel Dinamikleri. 2020-2023